Jochen Alfred Werner, geboren 1958 in Flensburg, studierte Humanmedizin in Kiel und legte 1987 die Ärztliche Prüfung ab. Im selben Jahr promovierte Werner und nahm seine ärztliche und wissenschaftliche Tätigkeit an der Kieler Univ.-Klinik für HNO-Heilkunde, Kopf- und Hals-Chirurgie auf. 1991 erhielt er die Anerkennung als Facharzt für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde. Die Erteilung der Zusatzbezeichnungen „Plastische Operationen“ und „Allergologie“ folgte. Werner habilitierte sich 1993 für das Gebiet Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde und wurde zwei Jahre später zum Leitenden Oberarzt der Kieler Univ.-HNO-Klinik ernannt.

Im Jahr 1998 nahm Werner den Ruf auf den Lehrstuhl für Hals-, Nasen- und Ohrenheilkunde der Philipps-Universität Marburg an. Während seiner Tätigkeit als Studiendekan der Medizinischen Fakultät von 2004 bis 2006 begleitete er den Prozess der Fusionierung und Privatisierung der Universitätsklinika Gießen und Marburg aus Sicht der Lehre und gestaltete in Marburg maßgeblich den Aufbau des Dr.-Reinfried-Pohl-Zentrums für Medizinische Lehre.

Seit 2011 war Werner Ärztlicher Direktor des Marburger Universitätsklinikums und Ärztlicher Geschäftsführer der Universitätsklinikum Gießen und Marburg (UKGM) GmbH. Von 2013 bis 2015 führte er diese Tätigkeit in Vollzeit aus. Ebenfalls 2011 wurde Werner in die Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina – Nationale Akademie der Wissenschaften aufgenommen. Von 2014 bis 2015 war Werner zusätzlich zu seiner Funktion als Geschäftsführer an der UKGM GmbH Sprecher des Medical Boards der Rhön-Klinikum AG, die zum genannten Zeitraum 9 Kliniken an 5 Standorten mit etwa 5000 stationären Betten umfasste. Seit dem 1. Oktober 2015 ist Werner Ärztlicher Direktor und Vorstandsvorsitzender der Universitätsmedizin Essen. Im Folgejahr wurde Werner in den Verwaltungsrat der Universitätsmedizin Bern, Inselgruppe AG Inselspital, berufen.

Wissenschaftlich befasste sich Werner mit Fragen zur Metastasierung, zu Fehlbildungen des Lymph- und Blutgefäßsystems sowie zu Operationsverfahren bei Krebserkrankungen im Kopf-Hals-Bereich. Hieraus resultierten über 350 Veröffentlichungen. Zehn Jahre war Werner Herausgeber der European Archives of Otorhinolaryngology, and Head and Neck, der ältesten HNO-Zeitschrift Europas.

An weiteren Funktionen Werners zu nennen ist seine langjährige Tätigkeit als Sachverständiger beim Institut für Medizinische und Pharmazeutische Prüfungsfragen (IMPP), seine Mitgliedschaft im Vorstand der Hessischen Krankenhausgesellschaft (2012 bis 2015) und die von ihm ausgegangene Gründung des Deutschen Studienzentrums für HNO-Heilkunde, Kopf- und Hals-Chirurgie im Jahre 2012. Von 2001 bis 2009 organisierte Werner als Sprecher des Kuratoriums der Deutschen Fortbildungsgemeinschaft der HNO-Ärzte die jährliche Fortbildungsveranstaltung des Deutschen Berufsverbandes der HNO-Ärzte, zu dessen Ehrenmitglied er ernannt wurde. 2015/2016 war Werner Präsident der Deutschen Gesellschaft für Hals-, Nasen-, Ohren-Heilkunde, Kopf- und Hals-Chirurgie, zu deren Ehrenmitglied er 2017 ernannt wurde.

In seiner Funktion als Ärztlicher Direktor und Vorstandsvorsitzender hat sich Werner der Digitalisierung in der Medizin verschrieben.

Gemeinsam mit einem Führungsteam hat sich Werner noch im selben Jahr auf den Weg gemacht, die Essener Universitätsmedizin mit ihren im Universitätsklinikum und mehreren Tochter- bzw. Enkelunternehmen tätigen etwa 8.500 Beschäftigten in ein Smart Hospital zu überführen. Anerkennung fand diese Initiative über Verleihung des Health Media Awards, des Deutschen Change Awards, des KU-Awards für Marketing sowie des TOP 100 Awards für mittelständige Unternehmen an die Universitätsmedizin Essen. Werner hat eine relevante Präsenz in den Sozialen Medien.